但无须回避，试行这一制度，也存在不同学校不同学科对博士生的考核要求不同的问题。如相对于理工科博士大多要参与导师的课题、项目，要给导师干活，导师对申请者的考核比较严格不同，文科生申请博士，由于导师承担资助经费相对较少，且有的文科导师并不需要学生给自己的项目干活，也就更容易出现“放水”问题。另外，舆论质疑的“人情交易”“钱学交易”“权学交易”“近亲繁殖”等问题，也在个别学校的个别导师招收博士生时存在，被举报、曝光。
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还有一个重要的指标——准确率。伯克利函数调用排行榜 (BFCL) 是评估函数调用能力的标准基准。 Gemma 3 1B 的得分约为 31%，Llama 3.2 1B 约为 26%，两者未经微调的性能都很弱。由于 Gemma 3n 是通用型程序，因此未对其进行测试。Hammer 2.1 0.5B 没有公开数据，但其 1.5B 版本开箱即用的得分约为 73%——尽管它在 int8 内存中占用约 1.5GB 的空间，是 FunctionGemma（288MB）的 5 倍。